Algum tempo depois do desembarque em terras brasileiras, os jesuítas perceberam que a fundação de escolas era a melhor maneira de formar novos sacerdotes para auxiliar os missionários no trabalho de catequese dos indígenas. O encarregado dessa tarefa foi o padre Manuel da Nóbrega, e, em 1550, foram inaugurados dois colégios: um na Bahia e outro em São Vicente – este deu origem à cidade de São Paulo.

Fundada em Paris em 1534 por Inácio de Loyola e outros seis companheiros, a Companhia de Jesus chegou ao Brasil em 1549 na armada de Tomé de Sousa, o primeiro governador-geral enviado por Portugal. Os jesuítas, chefiados por Manuel da Nóbrega, tinham a missão de converter os indígenas à fé católica pela catequese e pela instrução.